MAIN_RETURN main(void)
{
    SYSTEM_Initialize(SYSTEM_STATE_USB_START); //システム初期化　system.c
    USBDeviceInit(); //USB初期化　usb_device.c
    USBDeviceAttach(); //USB接続　usb_device.c
    while(1)
    {
        SYSTEM_Tasks(); //システムタスク
        #if defined(USB_POLLING)//非アクティブ
            USBDeviceTasks(); //非アクティブ
        #endif
        if( USBGetDeviceState() < CONFIGURED_STATE )
        {
            continue;//何もしない
        }
        if( USBIsDeviceSuspended() == true )
        {
            continue;//何もしない
        }
        APP_DeviceCustomHIDTasks(); //カスタムルーチン　usb_device_hid.c
    }
}
*システム初期化、USB初期化、USB接続を最初に実行します。
*カスタムルーチンを無限ループで繰り返します。

void SYSTEM_Initialize( SYSTEM_STATE state ) //system.c
{
    switch(state)
    {
        case SYSTEM_STATE_USB_START://これが選択
            LED_Enable(LED_USB_DEVICE_STATE); //LED1を出力に設定　leds.c
            LED_Enable(LED_USB_DEVICE_HID_CUSTOM);//LED2を出力に設定　leds.c
            
            BUTTON_Enable(BUTTON_USB_DEVICE_HID_CUSTOM); //SW2を入力に設定　buttons.c

             //AD許可、RA0のみアナログ、20 TAD、FOSC/4を設定adc.c
            ADC_SetConfiguration(ADC_CONFIGURATION_DEFAULT);
　　　　　
            ADC_Enable(ADC_CHANNEL_POTENTIOMETER); //RA0を入力設定adc.c
            break;
            
        case SYSTEM_STATE_USB_SUSPEND://非選択
            break;
        case SYSTEM_STATE_USB_RESUME://非選択
            break;
    }
}
*LED、SW、A/D変換の設定を行っています。
*この部分の理解は容易です。

void USBDeviceInit(void) //usb_device.c
{
    uint8_t i;
    USBDisableInterrupts();//USB割り込みを無効にして初期化
    USBClearInterruptRegister(U1EIR);  //USBエラーをクリア
    USBClearInterruptRegister(U1IR); 　//USB割り込みをクリア
    U1EP0 = 0;　//endpoint control registersをクリア
    DisableNonZeroEndpoints(USB_MAX_EP_NUMBER);//指定のエンドポイントの制御レジスタをクリア
    SetConfigurationOptions();
    USBPowerModule();　//power up the module
    USBSetBDTAddress(BDT);　//set the address of the BDT
    for(i=0;i<(sizeof(BDT)/sizeof(BDT_ENTRY));i++)　//Clear all of the BDT entries
    {
        BDT[i].Val = 0x00;
    }
    USBPingPongBufferReset = 1; //Ping Pong bufferをリセット           
    U1ADDR = 0x00;    // Reset to default address               
    USBPacketDisable = 0;     // Make sure packet processing is enabled       
    USBPingPongBufferReset = 0;　//Stop trying to reset ping pong buffer pointers
    while(USBTransactionCompleteIF == 1)   // Flush any pending transactions   
    {
        USBClearInterruptFlag(USBTransactionCompleteIFReg,USBTransactionCompleteIFBitNum);
        inPipes[0].info.Val = 0;　//変数初期化
        outPipes[0].info.Val = 0;　//変数初期化
        outPipes[0].wCount.Val = 0;　//変数初期化
    }
    USBStatusStageEnabledFlag1 = true;　//フラグセット
    USBStatusStageEnabledFlag2 = true;　//フラグセット
    USBDeferINDataStagePackets = false;　//フラグクリア
    USBDeferOUTDataStagePackets = false;　//フラグクリア
    USBBusIsSuspended = false;　//フラグクリア
    for(i = 0; i < (uint8_t)(USB_MAX_EP_NUMBER+1u); i++)
    {
        pBDTEntryIn[i] = 0u;　//変数初期化
        pBDTEntryOut[i] = 0u;　//変数初期化
        ep_data_in[i].Val = 0u;　//変数初期化
        ep_data_out[i].Val = 0u;　//変数初期化
    }
　　//Get ready for the first packet
    pBDTEntryIn[0] = (volatile BDT_ENTRY*)&BDT[EP0_IN_EVEN];
    // Initialize EP0 as a Ctrl EP
    U1EP0 = EP_CTRL|USB_HANDSHAKE_ENABLED; 
　　//Prepare for the first SETUP on EP0 OUT       
    BDT[EP0_OUT_EVEN].ADR = ConvertToPhysicalAddress(&SetupPkt);
    BDT[EP0_OUT_EVEN].CNT = USB_EP0_BUFF_SIZE;
    BDT[EP0_OUT_EVEN].STAT.Val = _DAT0|_BSTALL;
    BDT[EP0_OUT_EVEN].STAT.Val |= _USIE;
    USBActiveConfiguration = 0;  // Clear active configuration        
    USBDeviceState = DETACHED_STATE;　//Indicate that we are now in the detached state
}

**この部分は難解で良く理解できません。
**USB初期化の基本部分で変更の必要は無いと思われます。

#if defined(USB_INTERRUPT)
void USBDeviceAttach(void)
{
    //if we are in the detached state
    if(USBDeviceState == DETACHED_STATE)
    {
        if(USB_BUS_SENSE == 1)
        {
    	    //Initialize registers to known states.
            U1CON = 0;          
    
            // Mask all USB interrupts
            U1IE = 0;                                
    
            //Configure things like: pull ups, full/low-speed mode, 
            //set the ping pong mode, and set internal transceiver
            SetConfigurationOptions();
    
            USBEnableInterrupts();  //Modifies global interrupt settings
    
            // Enable module & attach to bus
            while(!U1CONbits.USBEN){U1CONbits.USBEN = 1;}
    
            //moved to the attached state
            USBDeviceState = ATTACHED_STATE;
    
            #ifdef  USB_SUPPORT_OTG
                U1OTGCON = USB_OTG_DPLUS_ENABLE | USB_OTG_ENABLE;  
            #endif
        }
    }
}
#endif  //#if defined(USB_INTERRUPT)

**この部分も難解で良く理解できません。
**USB接続の基本部分で変更の必要は無いと思われます。

　Vendor IDとProduct IDはusb_descriptors.cに以下のように定義されています。
const USB_DEVICE_DESCRIPTOR device_dsc=
{
    0x12,    // Size of this descriptor in bytes
    USB_DESCRIPTOR_DEVICE,                // DEVICE descriptor type
    0x0200,                 // USB Spec Release Number in BCD format
    0x00,                   // Class Code
    0x00,                   // Subclass code
    0x00,                   // Protocol code
    USB_EP0_BUFF_SIZE,          // Max packet size for EP0, see usb_config.h
    0x04D8,                 // Vendor ID
    0x003F,                 // Product ID: Custom HID device demo
    0x0100,                 // Device release number in BCD format
    0x01,                   // Manufacturer string index
    0x02,                   // Product string index
    0x00,                   // Device serial number string index
    0x01                    // Number of possible configurations
};

**Vendor ID＝0x04D8、Product ID=0x003Fということは理解できます。
**グローバル変数は非常に多く定義されていますが、それらがどのように使用されるかは不明です。

void APP_DeviceCustomHIDTasks()
{   
    if(HIDRxHandleBusy(USBOutHandle) == false)　//バッファが使用可能の場合
    {   
        //We just received a packet of data from the USB host.
        //Check the first uint8_t of the packet to see what command the host
        //application software wants us to fulfill.
        switch(ReceivedDataBuffer[0])
        {
            case COMMAND_TOGGLE_LED:  //Toggle LEDs commandの場合
                LED_Toggle(LED_USB_DEVICE_HID_CUSTOM);　//LED2を反転
                break;
            case COMMAND_GET_BUTTON_STATUS:  //Get push button stateの場合
                if(!HIDTxHandleBusy(USBInHandle))　//バッファが使用可能の場合
                {
                    ToSendDataBuffer[0] = 0x81;　//ToSendDataBuffer[0] = 0x81をセット	
                    if(BUTTON_IsPressed(BUTTON_USB_DEVICE_HID_CUSTOM) == false)	
                    {　//SW2がOFFの時
                            ToSendDataBuffer[1] = 0x01;　// 0x01をセット
                    }
                    else					
                    {　　//SW2がONの時
                            ToSendDataBuffer[1] = 0x00;　// 0x00をセット
                    }
                    //パケットを送信
                    USBInHandle = HIDTxPacket(CUSTOM_DEVICE_HID_EP, (uint8_t*)&ToSendDataBuffer[0],64);
                }
                break;

            case COMMAND_READ_POTENTIOMETER:　//AD変換 commandの場合 
                {
                    uint16_t pot;
                    if(!HIDTxHandleBusy(USBInHandle))　//バッファが使用可能の場合
                    {
                        pot = ADC_Read10bit(ADC_CHANNEL_POTENTIOMETER);//AD変換値をpotに代入

                        ToSendDataBuffer[0] = 0x37; 　//ToSendDataBuffer[0] = 0x37をセット 
                        memcpy(&ToSendDataBuffer[1], &pot, 2);//ToSendDataBufferにpot値をコピー
　　　　　　　　　　　　//パケットを送信
                        USBInHandle = HIDTxPacket(CUSTOM_DEVICE_HID_EP, (uint8_t*)&ToSendDataBuffer[0],64);
                    }
                }
                break;
        }
　　　　//パケットを受信
        USBOutHandle = HIDRxPacket(CUSTOM_DEVICE_HID_EP, (uint8_t*)&ReceivedDataBuffer, 64);
    }
}

**パケットの受信と送信のおおまかなシーケンスは容易に理解できます。
**パケットの受信と送信の内部処理はブラックボックスです。
**ブラックボックスの部分を除いて、プログラムのカスタマイズは可能と思われます。